「Objective-C」という言語と「Xcode」で作るアプリの事をネイティブアプリと呼びますが、それ以外のツールでアプリを作ることもできます。
「1つのコードでマルチプラットフォーム化できる」、「AppStore以外の場所で公開できる」など、それぞれのツールには特徴があります。
Xcode以外の開発ツールについて簡単に書いていきます。
Titanium Mobile

By: Wapster
Titanium Mobileは、オープンソース/商用無料の開発環境で、言語はJavaScriptを使います。
ひとつのソースコードで、iOS, Android, Windows Phone, BlackBerryなど、マルチプラットフォームに展開できます。
カメラ、加速度センサ、電子コンパスなど、デバイス固有の機能が使えますが、Titanium Mobile経由で提供されるため、処理能力で劣る場合もあるようです。
参考ページ
Titanium MobileではじめるiPhoneアプリ開発titanium-mobile-doc-ja
Unity3D

By: Ian Hughes
Unity3Dは、3Dコンテンツも作成できるゲーム開発用のプラットフォームです。
基本機能は無料ですが、デバイスへの書き出しにはライセンスの取得($300)が必要なようです。
iOS端末、Android端末などマルチプラットフォームでコンテンツの書き出しができ、ドラッグ&ドロップで手軽に3Dデータが扱えます。
参考ページ
Unity3Dをイチから学ぶのに便利なリンクまとめローカルWebアプリ

By: Albert Skibinski
HTML5とCSS3を使って、iOS端末のWebブラウザの上で動くWebアプリケーションを作ることができます。
サーバーからブラウザへロードが完了したら、それ以降はネットワーク接続不要で動作するので「ローカルWebアプリ」と呼ばれます。 ユーザーは「インストール」という作業をする必要がありません。
Appleの審査を経由することなく自由に配布できるので、どんな内容のアプリでも公開できます。
「Xcode + Objective-C」で作るネイティブアプリと比べて動作が遅いなどといった劣る面もありますが、徐々に改善されているようです。
参考ページ
HTML5 で作る iPhone ローカル Web アプリ入門HTML5でiPhone/Androidアプリケーションを作ろう!:ITpro
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